- Отделение теоретической физики
- Отделение физики высоких энергий
- Отделение перспективных разработок
- Отделение молекулярной и радиационной биофизики
- Отделение нейтронных исследований
- Отдел физики и техники реакторов
- Отдел информационно-вычислительных ресурсов и технологий
- Инжиниринговый центр «Нейтронные технологии»
- Филиал НИЦ «Курчатовский институт» - ПИЯФ - ИВС
- Филиал НИЦ «Курчатовский институт» - ПИЯФ - ИХС