Молодые ученые НИЦ «Курчатовский институт» - ПИЯФ разработали программы для анализа структур биомакромолекул
Понедельник, 07 июля 2025По результатам проведения конкурса на соискание премии имени И.В. Курчатова НИЦ «Курчатовский институт» за 2024 год среди работ молодых научных сотрудников и инженеров-исследователей победила работа «DSSP и HBOND в GROMACS: утилиты для анализа структур биомакромолекул». Ее авторы – сотрудники Отделения молекулярной и радиационной биофизики НИЦ «Курчатовский институт» - ПИЯФ ‒ старший лаборант Анатолий Титов и лаборант-исследователь Сергей Горелов.
Работа, состоящая из цикла двух статей, посвящена разработке алгоритмов анализа динамики водородных связей в траекториях молекулярной динамики. Основной упор сделан на существенное улучшение работы алгоритмов нахождения водородной связи в траекториях молекулярной динамики и анализе вторичной структуры белка и её динамики.
Разработанные алгоритмы реализованы в виде программ на языке C++ и доступны в пакете программ GRomacs.
Программа gmx dssp ‒ инструмент GROMACS для определения вторичной структуры белков с помощью алгоритма DSSP. Анализ основан на водородных связях и поддерживает разные режимы обработки атомов водорода. Позволяет эффективно отслеживать динамику элементов вторичной структуры в молекулярных симуляциях.
Программа Mx hbond ‒ это высокоэффективный инструмент для анализа водородных связей в молекулярно-динамических симуляциях, интегрированный в пакет GROMACS. Благодаря расширенным возможностям вывода и оптимизированной реализации, gmx hbond позволяет подробно исследовать динамику и статистику водородных связей в сложных биомолекулярных системах.
Поздравляем молодых ученых и желаем дальнейших успехов!
